La cripta (XI sec.) è a nove navate con volte a crociera sorrette da 28 colonne e capitelli di reimpiego provenienti da edifici romani. Il suo orientamento è opposto a quello della basilica e l'altare si trova di fronte alla grande abside. Nella foto a sinistra (1) è l'affresco con i Santi Patroni di Tuscania, Secondiano, Veriano e Marcelliano del '300.