Committente del "Giudizio Universale", il grandioso affresco che ricopre la parete retrostante l'altare della Cappella Sistina in Vaticano, fu in origine papa Clemente VII che però morì ancor prima dell'inizio dell'opera. Paolo III, suo successore, confermò l'incarico a Michelangelo che nel 1536 poté così mettersi all'opera per completare il lavoro nel 1541. Paolo III si fece carico di tutte le spese e Michelangelo, riconoscente, lo raffigurò come San Pietro, con le chiavi in mano, alla sinistra del Cristo in una posizione di magnifica evidenza, anche per le dimensioni monumentali della sua figura, una delle più grandi dell'affresco. L'espressione del papa, che appare burbera e accigliata, è da riferirsi non tanto al Farnese quanto al personaggio raffigurato, vale a dire San Pietro. Anche La figura di Paolo III-San Pietro non sfuggì ai censori "braghettoni": le sue nudità furono infatti ricoperte dal solito panneggio svolazzante.